藏毛窦和藏毛囊肿的治疗手术是主要的方法，但有炎症时则禁忌，应俟炎症消退后再行手术。手术方法有下列几种：1.切除一期缝合手术切除全部病变组织、游离肌肉和皮肤，完全缝合伤口，使一期愈合。为了消除深的臀间裂及其负压力，减少伤口裂开、血肿和脓肿，可行Z形成术。适用于囊肿和中线上的小型无感染的窦道，复发率0%～37%，优点是愈合时间短，臀间裂内形成的瘢痕柔软活动，在瘢痕和骶骨之间有软组织，可耐受损伤。2.切除部分缝合 切除病变组织，伤口两侧皮肤与骶骨筋膜缝合，使大部伤口一期愈合，中间一部分伤口由肉芽组织愈合。适用于有很多窦口和窦道的病例，效果与切除一期缝合相同，但愈合时间较长。　3.切除伤口开放次期缝合 适用于严重感染的病例和一期缝合发生感染伤口切开引流的病例。 4.切除伤口开放 适用于伤口过大不能缝合和手术复发的病例。手术简单，但愈合期长，形成的瘢痕广泛，只有一薄层上皮，粘于骶骨，如有损伤，瘢痕容易破裂。 5.袋形缝合术 切除窦道壁表面部分和上盖皮肤，用肠线或可吸收的人造缝线创口以促进愈合。仔细的术后护理，常可看到满意的结果。多用于不能切除病例或复发性藏毛窦。