治疗原则为建立不利于厌氧菌生长繁殖的环境（包括外科治疗）和抗菌药物治疗。对少数产外毒素的厌氧菌感染如破伤风、肉毒杆菌食物中毒，宜同时应用抗毒素。对严重感染患者应加强支持疗法、酌情输血浆或全血，积极治疗原发疾病。
1.破坏厌氧环境包括局部病灶的切开引流、坏死组织或无效腔的清除、明显肿胀伴气体形成病变组织的减压，以及并存的恶性肿瘤、异物、梗阻、血栓的去除等。为控制感染扩散和减轻毒血症，必要时施行截肢、子宫切除等手术。而对抗菌药物治疗效果良好的肝脓肿、无明显囊壁的脑脓肿、输卵管附件脓肿等不一定作切开引流。浅表厌氧菌感染局部可用过氧化氢溶液冲洗。高压氧治疗适用于气性坏疽病例。
2.抗菌治疗①甲硝唑；②克林霉素和林可霉素；③氯霉素；④β-内酰胺类抗生素；⑤大环内酯类；⑥万古霉素和去甲万古霉素等。
3.其他治疗支持和对症治疗包括维持水、电解质平衡、输血、纠正休克、止痛、肾衰竭的治疗、患肢的固定等亦属重要。
并发血栓性静脉炎或DIC时，有应用肝素等抗凝剂的指征。由产气荚膜梭菌造成流产后感染或败血症而并发血管内溶血时，可应用换血疗法。破伤风或肉毒梭菌感染时，毒素是重要的致病因子，此时，抗毒素的应用尤为重要。此外可给氧，包括局部应用3%过氧化氢溶液冲洗和全身给药，重症患者可考虑高压氧舱治疗。