本病由鞭毛菌亚门真菌瓜果腐霉菌侵染所致。病菌以卵孢子随病残体在土壤中越冬，可营腐生生活。条件适宜时卵孢子萌发，产生芽管，直接侵入幼芽，或芽管顶端膨大后形成孢子囊，以游动孢子借雨水或灌溉水传播到幼苗上，从茎基部侵入。湿度大时，病苗上产生的孢子囊和游动孢子进行再侵染。病菌虽喜34℃高温（30～36℃），但土温15～20℃时繁殖最快，在8～9℃低温条件下也可生长，故当苗床温度低，幼苗生长缓慢，再遇高湿，则感病期拉长，特别是在局部有滴水时，很易发生猝倒病。尤其苗期遇有连续阴雨雾天，光照不足，幼苗生长衰弱发病重。当幼苗皮层木栓化后，真叶长出，则逐步进入抗病阶段

幼苗大多从茎基部感病（亦有从茎中部感病者），初为水渍状，并很快扩展、溢缩变细如“线”样，病部不变色或呈黄褐色，病势发展迅速，在子叶仍为绿色、萎蔫前即从茎基部（或茎中部）倒伏而贴于床面。苗床湿度大时，病残体及周围床土上可生一层絮状白霉。出苗前染病，引起子叶、幼根及幼茎变褐腐烂，即为烂种或烂芽。病害开始往往仅个别幼苗发病，条件适合时以这些病株为中心，迅速向四周扩展蔓延，形成一块一块的病区。猝倒病常发生在幼苗出土后、真叶尚未展开前。病菌侵染后幼茎基部发生水渍状暗色斑，继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，使幼苗地上部因失去支撑能力而倒状。苗床湿度大时，在病苗或其附近床面上常密生白色绵絮状菌丝。