畸形精子症的病因有1、泌尿生殖系统感染：泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液的中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。2、内分泌紊乱：体内某些相关激素的分泌不平衡，从而造成畸形率增高。有实验证实，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到患者曲细精管内精子的天生过程，导致畸形率升高。3、吸烟过度：较新的研究发现，吸烟者可使畸形精子发生率显着增高。每日抽烟超过30支者，其畸形精子发生率更高;吸烟时间越长，畸形精子也越多。4、酗酒：酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一。已有研究证实，酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。 5、其他原因：化学制剂、辐射、环境污染等因素，都可引发精子畸形。

疾病因素：泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等等，这些病均可影响精子的质量，形成畸形精子症。药物因素：使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟，形成畸形精子，导致畸形精子症。外界因素：外界因素如生殖腺受到放射线照射等也可引起精子的突变，形成畸形精子症。