精子减少症的病因：
1、内分泌因素，内分泌异常时男性正常的生精功能依赖于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常来运作，如果其中任何一个环节发生障碍，都会影响男性生精功能，另外，甲状腺、肾上腺疾病等因素也会通过引起内分泌因素而引起少精子症。
2、染色体影响这主要体现在先天遗传因素上。染色体畸形异常会影响精子活动率、密度等。
3、隐睾，隐睾是影响男性精子精液异常比较常见的原因。隐睾男性不育率比较高，如果男性存在少精子症，而且还有隐睾，一定要及时治疗，否则引起不育的概率是很高的。
4、精索静脉曲张，精索静脉曲张时，睾丸的局部温度升高，血管活性物质增加，而会影响到睾丸的生精功能。
5、自身免疫因素，男性自身棉衣可影响男性生育能力，如果产生抗精子抗体可造成男性少精子症或者无精子症。另外，阴部温度过高、反射物质影响、药物影响、医源性影响等因素都会引起男性少精子正的。因此一定要注意预防措施。
6、生殖道感染因素，生殖道的感染，特别是附属生殖腺的慢性感染是影响精液异常的重要因素，很可能导致男性少精症。