引起甲胎蛋白偏高的原因很多，具体分析如下
（1）肝癌是常见的造成甲胎蛋白偏高的原因之一，一般正常人血清中甲胎蛋白的含量不到20μg/L，但当肝细胞发生癌变时，却又恢复了产生这种蛋白质的功能，据调查发现约有80%的肝癌患者血清中甲胎蛋白会升高，通常以400μg/L为标准，高于此数值应该考虑肝癌的可能性，一般在肝癌出现症状之前的8个月甲胎蛋白就已经升高，所以肝硬化、慢性肝炎病人、家族中有肝癌患者的人应该根据自己的情况做定期的检查。因此，甲胎蛋白对肝癌的肝癌的早期诊断具有一定的意义。提醒一点的是：不能仅仅凭借甲胎蛋白偏高的指标来诊断或排除一种疾病是不可靠的，因为肝癌的发现不一定都需要甲胎蛋白偏高，有些肝癌可以是甲胎蛋白值正常的，故应同时结合其他血清学检查和影像学检查综合分析，才可增加诊断可靠性。
（2）妊娠妇女和新生儿也会出现甲胎蛋白的一时性升高，因为甲胎蛋白是胎儿的正常血浆蛋白成分，是胚胎早期的主要蛋白质，妊娠期妇女甲胎蛋白是会明显升高，一般在妊娠后3个月，甲胎蛋白就明显升高，到7-8月孕妇母血中AFP量达到最高峰并相对稳定，但其仍旧低于400μg/L，约在产后3周后逐渐恢复正常水平。
（3）甲胎蛋白偏高可能与非恶性疾病如急、慢性肝炎，重症肝炎恢复期，肝硬化，先天性胆管闭塞，畸形胎儿等甲胎蛋白可出现升高，但是起升高的幅度比较小，且持续的时间比较短。
（4）甲胎蛋白偏高可能与生殖细胞肿瘤有关，据资料显示大约50%患有生殖细胞肿瘤的病人其甲胎蛋白(AFP)呈阳性；一些其它肠胃管肿瘤如胰腺癌或肺癌及肝硬化等患者亦可出现不同程度的甲胎蛋白偏高；另外，若甲胎蛋白大于25μg/L的男性患者还要考虑睾丸癌的可能。
（5）病毒性肝炎。慢性肝炎活动期甲胎蛋白有轻度、中度升高，一般在50~300μg/L，与肝细胞癌不同点为升高幅度低，一般不持续增高，经治疗后降低以至恢复正常。
(6)新生儿肝炎。30%新生儿肝炎可测出甲胎蛋白，发生率随病情的严重度而增加，大多明显增高。此可与先天性胆管闭锁鉴别，后者甲胎蛋白大多正常。
(7)其他原因。
肝损伤、充血性肝肿大、共济失调、毛细血管扩张症、先天性酪氨酸病、孕妇（3~6个月）、睾丸或卵巢胚胎性肿瘤（如精原细胞瘤、恶性畸胎瘤、卵巢癌等）也常有甲胎蛋白增高。