花椒籽呈圆球形、椭圆形或半圆形，直径约3～5mm，表面黑色，有光泽，有时表皮已脱落，露出网状纹理，皮质硬脆，易剥落，除去种皮后可见淡黄白色胚乳及肥厚的子叶，胚根大，胚芽明显。气香，味辛辣。中医学称之为椒目。椒目苦辛，寒，有小毒。归脾、肺、膀胱经。可利水消肿，祛痰平喘。用于水肿胀满，哮喘。花椒籽油对于高血脂人群有很大作用，因α—亚麻酸能明显有效地降低血清胆固醇含量，调节人体血脂平衡，防止发生高血脂，能有效阻断心血管疾病的诱发因素 花椒籽治中寒腹痛，寒湿吐泻。本品辛散温燥，有温中燥湿、散寒止痛、止呕止泻的作用。治外寒内侵，胃寒腹痛、呕吐时，可与生姜、白豆蔻等同用。治脾胃虚寒，脘腹冷痛、呕吐、不思饮食时，常与干姜、人参等同用，如大建中汤。治寒湿困中，腹痛吐泻，多与苍术、砂仁、草豆蔻等同用。 花椒籽有驱蛔杀虫的功效。治虫积腹痛，手足厥逆，烦闷吐蛔，可与乌梅、干姜、黄柏等同用，如乌梅丸。虫积腹痛较轻者，可与乌梅、榧子、使君子等同用。若治小儿蛲虫病，可用本品煎液作保留灌肠。另外，本品有杀虫燥湿止痒的功效，可外用治湿疹瘙痒，妇人阴痒。花椒籽粉碎为四川菜使用最多的调料，常用于配制卤汤、腌制食品或炖制肉类，有去膻增味的作用，亦为“五香粉”原料之一。