肠阿米巴病的潜伏期一般为3周，亦可短至数日或长达年余。(一)肠阿米巴病轻型临床症状不明显，间可出现腹痛、腹泻。粪便中有包囊。常为致病性与非致病性虫株混合感染。肠道病变轻微，有抗体形成。当机体抵抗力下降时，可发生痢疾或肝脓肿症状。(二)肠阿米巴病普通型包括急性与慢性两种表现。全身症状轻。无发热，起病缓慢呈间歇性腹泻又称阿米巴痢疾。典型急性表现为粘液血便呈果酱样，每日10余次，便量中等。粪质较多，有腥臭，伴有腹胀或轻中度腹痛，体征有盲肠与升结肠部位轻度压痛、间歇期大便稀糊或基本正常。大便镜检可发现滋养体。肠阿米巴病的基本表现为结肠直肠炎，症状轻重与病变程度有关。如病变局限于盲肠、升结肠、粘膜溃疡较轻时，仅有便次增多。偶有血便，溃疡较明显时表现为典型阿米巴痢疾，若直肠受累明显时，可出现里急后重感。典型急性表现，历时数日或几周后自发缓解，未经治疗或治疗不彻底者易复发或转入慢性。慢性者各种症状可交替持续数月或数年，反复迁延发作后可致贫血、乏力，腹胀、排便规律改变或肠道功能紊乱，体检扪及结肠增厚与压痛。大便镜检可有滋养体或，和包囊。(三)肠阿米巴病型起病突然，高热，先有较长时间的剧烈肠绞痛，随之排出粘液血性或血水样大便，每日10余次。伴里急后重。粪便量多。伴有呕吐、失水，甚至虚脱或肠出血、肠穿孔或腹膜炎。肠阿米巴病少见，常发生在感染严重、营养不良、孕妇或接受激素治疗者。