诊断根据临床表现和实验室检查结果确诊，在肺炎球菌脑膜炎发病后不久，即出现昏迷和惊厥的可疑病例，应及时作腰穿检查脑脊液，有些病例脑脊液混浊程度并不严重，甚至仅稍发浑，细胞数亦只有数百，但涂片染色镜下可见大量肺炎链球菌，提示病势严重表现，在未见细菌的情况下，应用PCR检测肺炎链球菌特异性DNA，可明确诊断。鉴别诊断反复发作的肺炎链球菌脑膜炎应与Mollaret脑膜炎鉴别，Mollaret脑膜炎为一种病因不明的少见病，以良性复发为特点，青少年多见发病年龄最小者5岁，表现为发作性发热，头痛，呕吐，颈强直，克氏征与布氏征阳性，有时伴癫痫大发作，晕厥，昏迷，一过性视力，语言障碍，暂时性面瘫，复视，瞳孔不等大等，症状多突然发作，数小时达高峰，每次持续时间短暂，约3～7天后症状突然消失，2次发作期间无任何异常，脑脊液呈脓性，蛋白增高，糖轻度减少，白细胞明显增多，瑞染色见大单核样细胞即Mollaret细胞，该细胞体积约为正常单核细胞的4～5倍，细胞膜不清，胞浆多呈灰色，有空泡无颗粒，细胞核折叠有凹陷，部分有分叶，无核仁，1～2天后脑脊液即以淋巴细胞为主，细菌，真菌，病毒检查均为阴性，Mollaret细胞大量检出是诊断本病的重要依据，但须与瘤细胞鉴别，天津儿童医院曾于1980年报告1例13岁女童，在4年半中反复发作7次。