(一)肠阿米巴病的诊断①慢性腹泻或肠功能紊乱者，应疑及肠阿米巴病;②典型的痢疾样粘液血便，中毒症状轻，有反复发作倾向，粪便镜检找到吞噬红细胞的溶组织内阿米巴滋养体，可确诊为肠阿米巴病;③有典型症状但粪便未发现病原体时，可借助血清学检查或在谨慎观察下应用特效、窄谱杀阿米巴药，如有效可作出临床诊断。(二)肠阿米巴病的鉴别诊断1.细菌性痢疾详见细菌性痢疾描述。2.血吸虫病有疫水接触史，急性血吸虫病有发热、尾蚴皮炎、肝肿大、腹痛、腹泻，每日2～5次，粪便稀薄，粘液血性。血中白细胞总数与嗜酸粒细胞显著增多。慢性与晚期者。有长期不明原因的腹痛、腹泻、便血、肝脾肿大、粪便检出虫卵或孵出毛蚴，或酶联免疫吸附试验呈阳性反应。3.肠结核消耗性发热、盗汗、营养障碍，粪便多呈黄色稀糊状，带粘液而少脓血。腹泻与便秘交替。大多数肠阿米巴病患者有原发结核病灶存在。4.结肠癌左侧结肠癌常有排便习惯改变，粪便变细含血液伴渐进性腹胀。右侧结肠癌有不规则发热，进行性贫血，有排便不畅，粪便糊状伴粘液，除隐血试验阳性外很少有鲜血。晚期扪及腹块。纤维肠镜检查和钡剂灌肠有助于诊断。5.慢性非特异性溃疡性结肠炎临床表现与肠阿米巴病较难区别。多次病原体检查阴性，血清阿米巴抗体阴性，特效治疗无效时常提示需考虑本病。