慢性乙肝病毒感染的过程就是与病毒斗争的过程，也就是抗乙肝病毒免疫的发展过程，各人免疫发展的程度和速度不同，疾病的结局也有很大差异。慢性乙肝病毒携带者约25%发作为肝炎，就是当前存在的轻重不等的病人；约75%是稳定的慢性携带者。在“大三阳”的慢性携带者之中，大约每年有10%会自然转为“小三阳”；在“小三阳”的慢性携带者之中，大约每年有5%会自然清除“小三阳”；在全体慢性携带者之中，大约每年有2%～3%会自然清除病毒而最终恢复。 　　慢性携带状态的清除与年龄和性别相关，女性能较早清除携带；越年小的携带越稳定，年龄渐老的清除的渐多。小儿和少年因乙肝疫苗普种，感染已大幅度降低；当前成年人中约有10%是慢性乙肝携带者，而60岁以上的人不到5%，80岁以上很少，90岁以上的慢性携带者从未见过。经过漫长岁月的乙肝病毒携带，逐渐发展了特异的抗病毒免疫，最终几乎都能清除病毒，所以慢性乙肝携带者不是终身感染。

目前还没有任何药物能有效的清除乙肝病毒的，乙肝病毒的清除只有依靠身体的免疫系统来进行，理论上讲通过提高人体的免疫力是可以清除体内的乙肝病毒的，这就是为什么急性感染能痊愈，慢性感染每年有1-3%的会实现自行转阴的情况。但这种情况尤其是对已慢性乙肝感染者而言，只能是可遇不可求的，目前还没有发现打破这些免疫平衡的有效方法。乙肝病毒感染超过6个月以后，乙肝病毒的基因组和肝细胞整合，形成闭合环状DNA，这种DNA半衰期长达十几年，所以即使在没有乙肝病毒存在的，只要肝细胞复制也能合成表面抗原，而且存在于细胞核内，目前还没有方法是药物进入细胞核内，这就是慢乙肝难以治愈的根本所在，只能等待这种DNA在长时间的复制过程中逐渐丢失和枯竭，所以有1-3%的慢性感染者会自行转阴的。