一个健康的肠道是和有益的肠道菌群密不可分的。在健康条件下，肠道菌群中的有益菌占优势，其代表如双歧杆菌、乳杆菌等。如果肠道菌群失调，好细菌和坏细菌的比例常会发生很大变化，坏细菌会乘机大量繁殖。　　事实上，好细菌减少和坏细菌增多都会引起肠道疾病。　　当肠道内有益菌群，如乳酸杆菌和双歧杆菌减少了，大肠杆菌及腐败性细菌等坏细菌便会大肆生长繁殖，产生毒素。肠道内硫化氢、氨、酚、靛基质等有毒物质增多，被吸收入血液后，会对心、脑、肝、肾等重要脏器造成危害，引发多种疾病，使人体过早衰老。这就是“自身中毒”学说。　　不仅如此，当我们始终处于菌群失调的状况时，肠道内的免疫功能就会下降很多，我们就很容易患上肠炎，时常动不动就拉肚子，有时还消化不良。身体瘦弱。这如果发生在孩子身上，会在很大程度上耽误孩子的成长。　　菌群失调严重者，还会患上葡萄球菌性肠炎、肠白色念珠菌病，甚至真菌性败血症。　　如果经常吃过多高蛋白及高脂肪食物，可促使胆汁排出增加，某些细菌将胆汁部分转化为二级胆汁酸，这些胆汁酸是一种促癌物质，和其他致癌物质共同刺激肠壁，易引发大肠癌。在菌群数量正常时，这类坏细菌数量少，没有能力去转化胆汁。可一旦菌群失调，这些细菌会乘机繁殖，使我们患肠道癌症的机会大增。　　菌群失调还会引起便秘。正常粪便含70%~80%的水分，这些水分的保持就得益于肠内菌群的附着和存在。所以，维持身体的健康，保持肠内有益菌占优势是十分必要的。如果在肠道中没有肠道菌群（比如吃了抗生素把肠道菌群大部分都杀死了），粪便中也就没有了菌群和水分的完美结合，粪便又干又硬，便秘就在所难免了。

如果出现了肠道菌群失调，有可能会导致出现腹部胀痛腹泻，或者是出现胃肠胀气，容易导致出现急性胃肠炎，或者是出现消化道疾病的情况。