因为惧怕药物副作用而拒绝服药的行为，往往会造成病情的进一步恶化，甚至威胁到生命。与药物副作用相比，病情恶化带来的影响往往更大，而且药物副作用有个体差异，不是所有小儿患者都会出现，所以采用药物治疗小儿癫痫必须遵循医生医嘱，在控制癫痫的情况下，观察药物带来的副作用，及时向医生反映，必要时调整药物。此外，由于儿童患者对疾病认识不多，家长更要在全面了解疾病的基础上，做好疾病治疗的教育。

比较常见，尤其对正在生长发育的儿童影响更大。抗癫痫药物中的苯妥英钠、苯巴比妥对骨骼的影响最大。此外，有些患者服药1～2周后出现过敏反应，有些在治疗早期出现恶心呕吐、腹痛腹泻、食欲减退等消化道症状，服用苯巴比妥、苯妥英钠、丙戊酸钠等药物的患者可能出现不同程度的肝脏损害。

抑制血液细胞，可能出现白细胞下降，血小板下降或贫血。据了解，临床上约1%的病人发生巨细胞贫血或巨红细胞症；粒细胞减少及粒细胞缺乏的发生率为1%～5%，早期多见；血小板减少及凝血机制障碍发生率为1%。不少患者治疗初期最常出现嗜睡；服用巴比妥类及安定类药物者多见兴奋、活动过多、攻击行为、焦虑、失眠等情况；长期服用抗癫痫药物还可能出现头晕眼花、走路不稳等小脑综合征的表现；行为异常、情绪改变、脑电图上出现慢波增多、高幅波等亚急性、慢性脑病。