灰指甲甲癣在治愈以后，很容易再次发作，其因素有很多，如：没有同时治愈手足癣，导致指趾再度被感染;没有坚持巩固治疗;患有其它疾病等原因，引起甲营养不良，使甲板自身防御致病真菌的能力下降;再次外伤引起致病真菌侵入甲板引起复发;长期接触汽油、油漆、洗涤剂和强碱性肥皂等物质，改变了正常皮肤甲板表面的酸碱度和防御能力，而导致复发等等，这些因素都在一定程度上导致灰指甲甲癣容易反复发作。

1.感染或者外伤所致。指甲受到感染，多因细菌入侵，改变指头部分的构造有关，并且还会令未治愈的灰指甲恶化，衍化为甲癣。而外伤多来于挤压或者是其它疾病影响。 2.生活习惯不良。饮食的失衡会导致大量的营养元素流失，使甲板自身防御致病真菌的能力下降，导致灰指甲;此外，经常触碰一些脏东西而少清洗的人也易引发灰指甲的出现。

灰指甲往往是先患上手癣或脚癣，真菌首先入侵甲周围的皮肤，然后经过指甲或趾甲的发育演变，渐渐入侵甲板内，并更进一步繁衍，直至毁坏整个甲板。若是真菌入侵甲根部，影响了甲的滋长，便可引发甲发育不完善或甲畸形。 一般说来灰指甲病变的过程是相比慢慢的，而更多的情形下灰指甲的发生是因为指甲因外伤或常常搔抓而造成破损后感染真菌而引发的。例如说患者有脚癣或股癣，因为瘙痒难忍常用手指甲搔抓，这一来手指甲上会沾上很多病损中的真菌。长时期反复搔抓摩擦，指甲极有可能有破损，从而使真菌趁虚而入引发灰指甲。