腹水中前列腺素(PGF2a)分泌增高与不孕。研究发现患者腹水中前列腺素浓度较正常人高。前列腺素的增高可影响卵泡的成熟并造成黄体功能不足。此外，腹水中的前列腺素的增加，可使输卵管痉挛、节律运动异常及使孕卵发育与蜕膜变化不同步，从而影响受孕卵和着床。自身免疫与不孕。有人对内膜异位症的血清、宫颈分泌物进行抗体测定，发现患者血清中抗内膜和抗卵巢抗体滴度明显增高，宫颈分泌物的抗卵巢抗体滴度也增高。同时，患者血清及腹水中C3及C4补体比正常人高，补体增高意味着炎症的存在。这种引起补体参与的炎症是针对异位的内膜，是一种自身免疫反应。抗卵巢抗体升高可影响排卵和黄体功能不全，抗子宫内膜抗体升高可影响子宫内膜的改变而不利于孕卵着床。

高催乳血症。据一组报道14例子宫内膜异位症，其中7例有乳汁及3例PRL上升。说明不孕的内膜异位症常合并泌乳和PRL升高，从而影响卵巢功能，导致不排卵。腹水中白介素Ⅰ及Ⅱ增高与不孕。白介素Ⅰ是巨噬细胞产生的一种特异蛋白，能诱导T细胞分化、增殖并产生白介素Ⅱ，还能激发前列腺素合成，使纤维细胞增加，活化及细胞产生免疫球蛋白的功能。异位症患者腹水存在白介素Ⅰ及白介素Ⅱ，并随疾病的严重而增加。