1、现代人工辅助生技术-试管婴儿，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去。容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷。
2、如果女性身体不具备孕育条件，比如内分泌紊乱，黄体功能不全，有过流产史。即使施行试管婴儿手术成功，也可能造成流产。
3、可能出现伦理道德问题。地下精子库的不规范增加了人工授精的许多伦理问题。有些机构对精子没有严格把关，精子来源不明。无法保证胎儿质量。
4、增加了多胎妊娠风险：多胎妊娠的孕妇并发症多，早产发生率及围生期死亡率高，属高危妊娠范围。所以医患双方都希望得到单胎，最多是双胎妊娠。
5、成本效益高，即获得每一个后代的成本高：做一次人工受孕需要2-3万人民币，受孕率15﹪。多次的话，受孕率能提高至37%左右，甚至更高；
6、对女性生理的干扰较大。刺激排卵导致卵巢反应低下，易出现于卵巢功能早衰，年轻女性于40岁以前闭经、卵巢不敏感综合征。卵巢过度刺激综合征：血液浓缩血容量减少、少尿、腹水、胸水、电解质紊乱、高凝状态、肝肾功能损害、血栓形成、成人呼吸窘迫综合征，甚至死亡。发生率为0.6﹪-14﹪。
7、通过人工受精制造的试管婴儿比自然受精得来的婴儿出生时罹患脑瘫的几率高3倍。